Los inicios de Cedarena se remontan a la década de los ochenta cuando el derecho ambiental estaba apenas naciendo. Es por ello que un grupo abogados, profesores y estudiantes de derecho empezaron a reunirse para discutir acerca de los principales problemas ambientales de la época, y de cómo abarcarlos desde el derecho.

Como resultado de estas discusiones en el año 1987 se llegó a crear el Centro de Conciencia de Derecho Ambiental, el cual se convirtió en un espacio abierto que propiciaba la realización de reuniones almuerzo cada miércoles, con el objetivo de dialogar acerca de temas relacionados con el derecho ambiental y los retos ambientales del país.

En el año 1989 se ve la necesidad de formalizar este espacio, y se impulsa la creación de una asociación que nació el 6 de setiembre de ese mismo año, con el nombre de Centro de Derecho Ambiental y de los Recursos Naturales (Cedarena). Llega, por lo tanto, a buscar ser una respuesta a la necesidad de proponer soluciones integrales, a los nuevos modelos de desarrollo impulsados en Costa Rica y en la región centroamericana.

Durante los primeros años la organización empezó ejecutar proyectos, a tener sus primeros equipos y profesionales, y a iniciar con la labor de formar estudiantes y abogados en el campo del derecho ambiental.

Es en 1998 cuando la organización logra concretar la adquisición de su propia sede.

Es así como a través de los años el desarrollo de nuevos proyectos e iniciativas ha permitido el crecimiento de Cedarena, no solamente en lo que respecta a capacidad técnica y administrativa, sino también en lo que se refiere al equipo profesional y a la membresía.

En la actualidad se suman más de 50 personas asociadas, y se cuenta con un equipo permanente de 10 profesionales y 10 consultores externos, conformando un grupo interdisciplinario de profesionales en derecho ambiental, economía ambiental, sistemas de información geográfica, ingeniería forestal, biología, manejo de recursos naturales, salud ambiental, sociología, comunicación y los procesos sociales y participativos.

Un aspecto relevante para Cedarena fue haber sido declarada el 10 de mayo de 1994 como una institución de utilidad pública, por parte del Estado costarricense.